Der Herero-Aufstand und die deutschen Gegenangriffe von 1904 wurden in Deutschland breit diskutiert. Reichskanzler von Bülow sprach das Thema in mehreren Reden 1904 vor dem Reichstag an. Die Rheinische Missionsgesellschaft (RMG) in Deutsch-Südwestafrika informierte ihre deutsche Zentrale in Barmen über den Beginn der Angriffe und bestätigte, dass von der Schutztruppe keine Gefangenen gemacht werden sollten. Es war ihr Verdienst, dass die deutsche Öffentlichkeit über die Vorfälle in Deutsch-Südwestafrika informiert wurde. Von Bülow beschwerte sich öffentlich in einer Reichstagsrede im Mai, dass Missionare ihre deutschen Siedler- und Soldatenkollegen beschuldigten. Er änderte schließlich seine Meinung im Laufe des Jahres. Im Dezember 1904 lobte er einen patriotischen Geist unter den Missionaren. Die Beziehung blieb schwierig, da die RMG vorschlug, dabei zu helfen, die verbleibenden Hereros von der Omaheke zurückzuholen, was von Trotha ablehnte. Berlin musste auf die Annahme der Hilfe bestehen, was dazu führte, dass die Missionare einige der Lager für die Überlebenden beaufsichtigten.

Die Kosten von Kolonialkriegen – hier ist auch die Maji Maji-Rebellion zu berücksichtigen – führten zu einer innenpolitischen Krise in Berlin. Im Dezember 1906 weigerten sich Politiker der Zentrumspartei und der Sozialdemokratischen Partei, den Nachtragshaushalt zu akzeptieren. Daraufhin suspendierte von Bülow den Reichstag sofort, was zu den Wahlen 1907 führte, die im Zusammenhang mit der Nama-Rebellion als Hottentottenwahlen bezeichnet wurden. Die Zentrumspartei erhöhte ihre Zahl der Sitze im Parlament, obwohl etwas weniger Stimmen erreicht wurden, die proportionale Sitzverteilung begünstigte ländliche Gebiete, die mehr Sitze und weniger Stimmen für die Zentrumspartei führten, während die Sozialdemokraten umgekehrt Sitze verloren und ihre Stimmen erhöhten.

Durch die Verluste der Sozialdemokraten übernahm schließlich eine neue Mitte-Rechts-Mehrheit namens Bülow-Block den Haushalt. In der Folgezeit setzte sich der Krieg in Namibia gegen die Nama fort, und selbst Sozialdemokraten befürworteten später die koloniale Expansion.

Der Streit in Deutschland während der Kolonialzeit zeigt, dass der Konflikt zwischen dem deutschen Militär und dem Herero und Nama kritisch diskutiert wurde. Insbesondere die Missionare äußerten Bedenken hinsichtlich der Umstände in den Konzentrationslagern. Im Reichstag waren die Sozialdemokraten eher besorgt über den Haushalt, obwohl einige Politiker einen friedlicheren Umgang in den Kolonien forderten und sich als Pazifisten artikulierten. Dennoch war es zu spät, der Vernichtungsbefehl war bereits erlassen und die Herero wurden in die Omaheke gejagt. Da der juristische Begriff Völkermord erst 1943 im Polnischen und 1944 im Englischen von Raphael Lemkin eingeführt wurde, konnte er damals in seiner heutigen Bedeutung nicht verwendet werden. In der wissenschaftlichen Debatte, die in den 1960er Jahren entstanden ist, wurde dann breit diskutiert, ab wann der Begriff des Völkermords angemessen ist.